Bilans otwarcia VAT należy uzupełnić w przypadku, gdy w ostatniej deklaracji sporządzonej w poprzednim systemie wystąpiła kwota do przeniesienia; istnieją dokumenty w rejestrze VAT, których obowiązek podatkowy powstaje w następnym miesiącu lub podatnik prowadzi działalność mieszaną, tzn. opodatkowaną i zwolnioną z VAT.
Jeśli poprzedni rok był prowadzony w systemie Millenium Księgowość, nadwyżka VAT z poprzedniej deklaracji automatycznie zostanie przeniesiona na kolejny rok. W bilansie otwarcia VAT należy pozostawić "0" oraz zapisać zmiany.