Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2003r. w sprawie prowadzenia Podatkowej Księgi Przychodów i Rozchodów, prowadząc KPiR w formie elektronicznej, podatnik powinien posiadać szczegółową instrukcję obsługi programu komputerowego wykorzystywanego do prowadzenia ksiąg. Instrukcja ta, jest wymagana w przypadku, gdy podatnik nie chce drukować KPiR, a jedynie przechowywać ją elektronicznie. Millennium Księgowość nie umożliwia takiej opcji - każdy Użytkownik zobowiązany jest do zarchiwizowania danych wymaganych przepisami samodzielnie.