E-segregator to funkcjonalność służąca do przechowywania dokumentów księgowych bez konieczności ich drukowania bądź pobierania. Umożliwia łatwy dostęp do dokumentów uporządkowanych na podstawie odpowiednich kategorii.
E-segregator znajduje się w zakładce Inbox/Inne.
Dokumenty systemowe, takie jak: Deklaracja PIT, PPE, VAT, Rejestry VAT, KPIR, EP, VAT-UE, JPK są automatycznie przenoszone do E-segregatora oraz rozdzielane na odpowiednie zakładki (podział znajduje się w dalszej części artykułu) w momencie pełnego zamknięcia miesiąca lub ręcznego zatwierdzania deklaracji.
Po dokonaniu wysyłki pliku JPK_V7, deklaracji VAT-UE oraz VAT-9M, dokumenty UPO przesyłane są do zakładki Nieprzypisane, skąd mogą zostać przeniesione, np. do zakładki Deklaracje.
Aby przenieść dokument z jednej kategorii do innej należy skorzystać z przycisku Przenieś, który pojawi się po skierowaniu kursora na linię dokumentu. Istnieje możliwość przeniesienia wielu dokumentów jednocześnie. W tym celu należy użyć funkcjonalności Zaznacz wiele i kliknąć w akcję Przenieś na dowolnym z zaznaczonych dokumentów.
Po kliknięciu w akcję Przenieś, wyświetli się dodatkowe okno z możliwością wyboru, do jakiej kategorii mają zostać przeniesione zaznaczone dokumenty. 
Przykłady dokumentów, które można przechowywać w E-segregatorze z podziałem na kategorie:
- Nieprzypisane - wszystkie dokumenty, które nie zostały skategoryzowane przez Użytkownika oraz dokumenty UPO;
- Ewidencje - zestawienia KPiR, Ewidencje Przychodu, Rejestry VAT;
- Deklaracje/ZUS - deklaracje PIT, PPE, VAT, pliki JPK, dokumenty ZUS (ZUS DRA, ZUS ZWUA, ZUS ZUA, ZUS ZZA);
- Korespondencja - wezwanie od Urzędu Skarbowego;
- Umowy/Potwierdzenia - umowa leasingowa, umowa najmu mieszkania, umowa zlecenie, umowa o dzieło, umowa o pracę, protokół odbioru, oświadczenie o przekazaniu samochodu;
- Inne - umowy, aneksy do umów, pozostałe dokumenty.
Poprzez akcję Pobierz można pobrać wybrane dokumenty z danej zakładki jednocześnie w pliku .zip. Natomiast w przypadku pobrania jednego dokumentu, zostanie on zapiany na dysku komputera w tej formie, w której został wgrany do Inbox, np. pdf., jpg.
E-segregator umożliwia także dodawanie opisów do dokumentów oraz wyszukiwanie dokumentów za pomocą tego zapisu. W celu dodania do dokumentu opisu należy skierować kursor na dokument i kliknąć w ikonę ołówka. Opisy w każdym momencie można edytować.
