Wystawienie faktury uwzględniającej fakturę zaliczkową możliwe jest w zakładce Fakturowanie/Faktury poprzez wybór opcji Wystaw fakturę bądź Wystaw z szablonu. Konieczne jest wprowadzenie tego samego kontrahenta, dla którego została wystawiona faktura zaliczkowa i sprawdzenie zapisu dat. W polu Pozycja należy wpisać pełną wartość sprzedanego towaru lub wykonanej usługi, wybrać właściwą kategorię oraz zapisać zmiany. Po wykonaniu tych czynności w sekcji Faktury zaliczkowe zaznaczyć checkboxem przypisaną fakturę zaliczkową - system automatycznie obliczy wartość faktury końcowej.
